审查员应当对确定需要保密的专利申请案卷作出保密标记，在对该专利申请作出解密决定之前，对其进行保密管理。保密专利申请的初步审查和实质审查均由专利局指定的审查员进行。
(1) 涉及国防利益需要保密的专利申请，由国防专利局进行审查，经审查没有发现驳回理由的，由专利局根据国防专利局的审查意见作出授予国防专利权的决定，并委托国防专利局颁发国防专利证书，同时在专利公报上公告国防专利的专利号、申请日和授权公告日。
国防专利复审委员会作出宣告国防专利权无效决定的，专利局应当在专利公报上公告专利号、授权公告日、无效宣告决定号和无效宣告决定日。
(2) 涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益需要保密的发明或者实用新型专利申请，由专利局按照以下程序进行审查和管理。
审查员应当对确定需要保密的专利申请案卷作出保密标记，在对该专利申请作出解密决定之前，对其进行保密管理。保密专利申请的初步审查和实质审查均由专利局指定的审查员进行。
对于发明专利申请，初步审查和实质审查按照与一般发明专利申请相同的基准进行。初步审查合格的保密专利申请不予公布，实质审查请求符合规定的，直接进入实质审查程序。经实质审查没有发现驳回理由的，作出授予保密发明专利权的决定，并发出授予发明专利权通知书和办理登记手续通知书。
对于实用新型专利申请，初步审查按照与一般实用新型专利申请相同的基准进行。经初步审查没有发现驳回理由的，作出授予保密实用新型专利权的决定，并发出授予实用新型专利权通知书和办理登记手续通知书。
保密专利申请的授权公告仅公布专利号、申请日和授权公告日。
当事人陈述未收到专利局的某一通知和决定的，应当由退件处理部门进行查询。查询首先在专利局发文部门进行，查询结果(包括通知和决定的发文日期、挂号号码和收件人) 应当由退件处理部门通知当事人。
1、退件的处理
邮寄退回的通知和决定由发文部门作计算机登录，再转送相关部门进行处理。
处理退件首先应当根据申请文档中申请人、专利代理机构提供的各种文件进行分析，查清退件的原因。能够重新确定正确地址和收件人的，更正后重新发出。
退件经过处理仍无法邮寄或者再次被退回时，根据通知和决定的性质，必要时采用公告的方式送达当事人。
退件(连同信封) 应当存档。
2、文件的查询
当事人陈述未收到专利局的某一通知和决定的，应当由退件处理部门进行查询。查询首先在专利局发文部门进行，查询结果(包括通知和决定的发文日期、挂号号码和收件人) 应当由退件处理部门通知当事人。
当事人需要进一步了解送达情况的，应当办理邮路查询手续，由发文部门通过当地邮局查询收件人所在邮政部门。查询结果表明未送达的责任在专利局或者邮局的，应当按照新的发文日重新发出有关通知和决定;查询结果表明未送达的责任在收件人所在单位收发部门或者收件人本人及其有关人员的，专利局可以根据当事人的请求重新发出有关通知和决定的复印件，但不得变更发文日。
邮路查询时效为十个月，自发文日起计算。
