专利行政诉讼是目前当事人经常遇到的一种诉讼。在我国，如果从被告主体上划分，有关专利的行政诉讼可分为三个类型。第一种被告是管理专利工作的部门。
根据第五十七条，未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，专利权人或者利害关系人也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国》向人民法院起诉;侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。旧专利法实施细则中规定的国务院有关主管机关部分设立的专利管理机关不再是专利法意义上的专利管理机关。只有各省、自治区、直辖市和一些设区的市的政府设立的(地方)专利管理机构才是专利法意义上的管理专利工作的部门。
有关的处理包括：
a.责令侵权人立即停止侵权行为;
b.处罚假冒他人专利;
c.处罚冒充专利;
d.对代理机构或代理人惩戒(先复议)。
不服处理决定的当事人可以作为原告，以管理专利工作的部门为被告，向中级人民法院起诉。即，管理专利工作的部门所在地的中级人民法院对专利案件有管辖权，为所在地的中级人民法院;无管辖权的，可以向管理专利工作的部门所属省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院起诉。对于判决不服的，在规定的上诉期内，向各高级人民法院提起上诉。各高级人民法院的裁判为终审裁判。
除了处理决定(不服的，可以向人民法院提起行政诉讼)之外，管理专利工作的部门还可以应当事人请求，对下列专利纠纷进行调解：
(一)专利申请权和专利权归属纠纷;
(二)发明人、专利设计人资格纠纷;
(三)职务发明的发明人、设计人的奖励和报酬纠纷;
(四)在发明专利申请公布后专利权授予前使用发明而未支付适当费用的纠纷;
(五)进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解;调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国》向人民法院起诉。但对于调解不成而向法院起诉的，是当事人双方之间的民事诉讼，也就是说，不是行政诉讼，被告也不是管理专利工作的部门。第二种被告是专利复审委员会(国家局直属事业单位)。最近，复审委员会的法律地位有所变化。
专利复审委员会从专利局的内设机构调整为国家知识产权局直属事业单位，其原因在于：从职责上来看，专利复审委员会要对国家知识产权局的审查决定进行再审查。所以，从行政程序上看，专利复审委员会作为国家知识产权局的内设机构不合适;从参与行政诉讼的角度看，原来专利复审委员会作为国家知识产权局内设机构不具独立法人地位，严格地讲，在专利行政诉讼中不是适格被告。
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