有得到了确定功能的基因才能申请专利。同时还要考虑，与已经公布的序列不相同和不相近似。如果目前公开了序列但是不知道用途，而此发明是得到了该用途，也可以申请专利。基因专利申请中有哪些常见问题呢？
1、单一性：
基因专利对单一性也提出了挑战，由上文可知，基因专利的申请往往与蛋白质专利结合，同时物质专利与方法专利也在很多情况下是同时申请的。
所谓单一性，是指一件发明或者实用新型专利申请应当限于一项发明或者实用新型。属于一个总的发明构思的两项以上发明或者实用新型，可以作为一件申请提出。就是说，一件申请只允许涉及一项发明或者实用新型。如果一件申请包括几项发明或者实用新型，则只有在所有这几项发明或者实用新型之间有一个总的发明构思相互关联的情况下才被允许。这是专利申请的单一性要求。专利申请应当符合单一性的要求主要是考虑：(1)经济上的原因：为了防止申请人只支付一件专利的费用而获得几项不同发明或者实用新型的保护。(2)技术上的原因：为了便于专利申请的分类、检索和审查。
基因专利申请提出的权利要求如此广泛，它是否符合单一性要求?这有必要了解单一性的特殊情况，即有关“总的发明构思”的规定。专利法实施细则第三十五条规定，属于一个总的发明构思的两项以上的发明或者实用新型，应当在技术上相互关联，包含一个或者多个相同或者相应的特定技术特征，其中，“特定技术特征”是指每一项发明或者实用新型作为整体考虑，对现有技术作出贡献的技术特征。上述条款定义了一种判断一件申请中要求保护两项以上的发明是否属于一个总的发明构思的方法。也就是说，属于一个总的发明构思的两项以上的发明在技术上必须相互关联，这种相互关联是以相同或者相应的特定技术特征表示在它们的权利要求中的。
上述条款还对“特定技术特征”作了定义。“特定技术特征”是专门为评定专利申请单一性而提出的一个概念，应当把它理解为是体现发明对现有技术作出贡献的那些技术特征，也就是使发明相对于现有技术具有新颖性和创造性的那些技术特征，并且应当从每一项要求保护的发明的整体上考虑后加以确定。由此可见，基因专利申请中蛋白、DNA分子、表达载体、宿主细胞、产生蛋白的方法、药物组合物、蛋白的抗体、特异性检测XX DNA的探针、检测疾病的方法、蛋白的用途等权利要求项必须具有相互关联性，如蛋白与产生蛋白的方法必须一致，否则就不符合单一性要求而不能获得专利。
2、充分公开和权利要求范围
说明书包括物质(DNA、载体、宿主、多肽或蛋白质和组合物)和方法即制备方法的说明，应尽可能全面。说明书是权利请求的依据，权利请求中的每个必要技术特征都作为发明要件表达出来，使所属领域技术人员能够依照此重现，这是专利较低的要求。防止在权利请求中提出新的要求。同时，最初递交的权利要求本身就是说明书描述公开的最好证据。
技术的充分公开，这是专利权人取得专利(垄断权)应该对社会付出的对价。应该限制过于宽泛的权利要求，应该遵循利益发明人利益与社会利益应该平衡，权利人的垄断权不应该超过他对社会做的技术贡献。即要使申请人明白怎样算满足充分公开，又不能让他人采用简单替换方法就能饶过专利权人圈的地。只允许权利人将其要求限制在他们确实能够实施的技术方案范围内。
授予专利需要具体揭示基因的功能，如可以治疗某种疾病。该规则对人基因和其他生物基因都适用。基因的功能应该基于其表达的蛋白。只有发现基因在生物中的具体作用，才能授予较宽的保护范围。因为DNA可能是进化上的遗迹，在有机体中可能没有任何功能。当然，如果识别了一个从遗传上证明功能已知的基因，如果控制眼睛的颜色，导致特定疾病等可授予专利。但如果仅声称编码某种产物，即使后来有证据，也不能授予，因为证据未揭示它的生物学功能。有相似性并不能实现任何具体实用性。因为基因可在不同时间、空间起作用。仅特定基因的一个具体功能的专利不能排除基于原来申请未预期的功能后续发现的专利。应严格限制仅就一部分同一就授予专利，只能授予能够实施的部分，猜测的不授予。
最明显的例子是：CCR5.PIO就基于序列的相似性，没有证据确定其配体或生物学功能，授予了可能是趋化因子受体的新基因专利。该专利的权利要求包括作为病毒受体(实际上，任何细胞表面分子都可以提出此要求)。后来他人在不知CCR5已经申请专利的情况下独立发现CCR5是HIV的关键辅助受体(co-receptor)，可能是重要的药物靶子。这是专利人在申请中从未涉及的。但是由于过于宽泛的授权，专利权人却可以垄断这个关键的，他自己根本不知道的发明，而关键知识产权的发现者却无丝毫权利。
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